提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
中东部多地体验初春般暖意 明起降水发展增多******
中国天气网讯 今起三天(1月10日至12日),我国中东部大部仍将处于明显偏暖的天气格局中,东北、江南不少地方最高气温较常年同期偏高超10℃,体验初春般的暖意。本周后半段,随着强冷空气登场,上述地区将上演冷暖大逆转,公众需关注临近预报,及时添衣防感冒。
我国中东部大部仍偏暖 本周后期多地上演冷暖大逆转
昨天是“三九”第一天,我国大部地区升温仍是主旋律,体验常年同期少见的暖意,东北、江南多地仿佛穿越至初春。
明天起,将有一股强冷空气影响我国,明后天,它主要影响西北地区,新疆、甘肃、青海降温6~12℃,新疆北部、甘肃西部降温14~18℃,阿勒泰北部降温超过20℃,风力4~6级,山口风力可达8~10级。
12日之前,我国中东部大部仍将保持偏暖的天气格局,东北、江汉、江淮及江南等地,气温偏高情况最为突出,日最高气温较常年同期偏高10℃以上。冷空气强度较弱,长江以北地区气温小幅波动,总体偏暖趋势不会被改变。省会城市中,沈阳明天最高气温可达7℃,比常年同期气温偏高超10℃,经历常年同期罕见的暖意。
而在南方,气温偏高的更加明显,13日前后,长江流域的最高气温将升至20℃以上。像长沙,13日的最高气温可达23℃左右。
随着强冷空气东移南下,本周后半段,中东部地区也将受到它的影响,届时多地将上演冷暖大逆转,公众需关注临近预报,及时添衣保暖,谨防感冒。
新疆有持续性强降雪 明起中东部降水发展增多
降水方面,今天,我国降水区域仍集中在一南一北:新疆北部及华南地区,新疆多地有强降雪现身,广东、广西的部分地区或有大雨。具体来看,今天,内蒙古东北部、新疆北部和西部山区等地部分地区有小到中雪,其中,新疆北疆北部等地部分地区有大到暴雪(10~19毫米)。江南东南部、华南大部、台湾岛等地部分地区有小到中雨,其中,广西东南部沿海、广东西南部等地部分地区有大雨。
明天,随着补充弱冷空气南下,暖湿气流增强,我国中东部雨雪天气将增多,其中黑龙江西北部、新疆北部和西部山区、西藏西部、陕西北部、山西中北部等地部分地区有小到中雪或雨夹雪,其中,新疆沿天山地区、西藏西部等地局地有大到暴雪。江汉南部、江南大部、西南地区东部、华南等地部分地区有小到中雨,局地有大雨。
后天,内蒙古中部和东北部、黑龙江中部和西北部、新疆中部和西部、西藏西部和东部等地部分地区有小到中雪或雨夹雪,其中,新疆南疆西部等地局部地区有大雪。江南中东部、广东中北部等地部分地区有中到大雨,局地有暴雨。
今起三天,新疆仍有持续性强降雪,明后天降雪范围还将向南扩展,大部有小到中雪,沿天山一带有大到暴雪。此外,明天起,我国中东部地区雨雪也将增多,临近春节,公众需关注航班、客运信息,驾车出行注意小心慢行。
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