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提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******

  近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。

  全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。

  统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。

  相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。

  该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。

  与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。

  该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。

学术支持

中国农业科学院作物科学研究所

记者

宋雅娟

 

中国发展新蓝图,为何空前强调高质量发展?******

  (中共二十大·观察)中国发展新蓝图,为何空前强调高质量发展?

  中新社北京10月17日电 (记者 李晓喻)中共二十大报告描绘了未来5年乃至更长时期中国发展的蓝图。其中,高质量发展被视为浓墨重彩的一笔。

  在5年前十九大报告提出中国经济已由高速增长阶段转向高质量发展阶段后,二十大报告进一步将高质量发展列为全面建设社会主义现代化国家的首要任务,将高质量发展的重要性提升到前所未有的高度。

  中国国际经济交流中心总经济师陈文玲接受中新社记者采访时称,高质量发展是中国经济迈向下一个历史性跃升的必然要求。如今,中国经济总量已增长到114万亿元人民币,稳居全球第二大经济体,但人均国内生产总值仍然相对落后。只有通过高质量发展,中国才能将经济增长的潜力转化为具体可感的红利,将量的积累转化为质的提升。

  在陈文玲看来,高质量发展也是实现中国式现代化的必由之路。既然中国式现代化以全体人民共同富裕、物质文明和精神文明相协调、人与自然和谐共生、走和平发展道路为圭臬,就必须且只能把高质量发展作为唯一可行的选择。没有高质量发展,中国式现代化就没有基础和支撑,中国也很难在世界百年变局加速演进、大国博弈升温之际占据主动。

  针对何为高质量发展,习近平此前曾作出解释:高质量发展,就是能够很好满足人民日益增长的美好生活需要的发展,是体现新发展理念的发展,是创新成为第一动力、协调成为内生特点、绿色成为普遍形态、开放成为必由之路、共享成为根本目的的发展。

  分析人士认为,高质量发展成为最重要“指挥棒”,将对中国经济大棋局产生深远影响,一系列新变化将接踵而至。

  今后,众多新的“坐标系”料将浮出水面。中国社科院经济研究所研究员胡怀国表示,在高质量发展要求下,推动质量变革、效率变革、动力变革预计将成为中国今后一个时期制定经济政策、实施宏观调控的根本要求,相应的指标体系、政策体系、标准体系、统计体系、绩效评价和政绩考核体系都将加快出炉。

  今后,全国统一大市场建设料将提速。二十大报告专门提及,要增强国内大循环内生动力和可靠性。

  中国商务部原副部长魏建国对记者称,眼下中国不少地方仍存在保护主义、“画地为牢”等倾向,导致要素资源在全国范围内流通不畅,不仅损害国内大循环健康发展,也影响其可靠性。预计今后中国将以更大力度破除各类市场隐性障碍和地域分割,打通制约经济循环的关键堵点,加快建设全国统一大市场,以满足高质量发展的需要。

  今后,中国料将在培育高质量市场主体上加大投入。据官方数据,截至2021年底中国市场主体总量已达1.54亿户,但对行业有重要影响的“头部企业”不多;中国企业在世界500强中的席位近年来明显增多,但竞争力、全球资源配置能力与美欧同行相比仍有不小差距。

  陈文玲表示,总体上看,当前中国企业仍处在全球产业链供应链格局的中下游,这与经济向高质量发展并不相符。只有抓紧培育一批高质量市场主体,高质量发展才有依托。(完)

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